En 1894, en la ciudad francesa de Varburgo aparece el cadáver de una joven. Uno de los médicos de la localidad, Albert Karno, conocido como el Doctor Cadáver, descubre la presencia de unos ácaros en las fosas nasales de la difunta. Karno deberá establecer la causa de la muerte, pero la familia de la muchacha y el sacerdote de la ciudad se niegan a autorizar la autopsia.
El Doctor Cadáver es la historia de Albert Karno, un médico que intenta comprender la muerte en beneficio de los vivos. Cuenta con la ayuda del comisario de la ciudad, su amigo y colaborador, cuyo deber y vocación es registrar todos los fallecimientos que se producen en esta; y, sobre todo, con la de Madeleline Karno, la hija veinteañera y ayudante ambiciosa del Doctor Cadáver, cuya pasión por la medicina se rebela contra los cánones establecidos por la sociedad de la época.
Será el inicio de una serie de acontecimientos dramáticos que conducirá al médico, a su hija y al comisario del lugar hasta un convento cercano, custodiado por lobos, y los miembros de la burguesía local.